たん白質やペプチドの1次構造を研究するためには、構成アミノ酸を同定し、それらの配列順序を定める必要がある。しかも、近年のペプチド合成法の急激な発展に伴いある程度の分子量を持ったペプチドでも合成が可能になったため、1次構造の研究はますます盛んになってきている。

アミノ酸配列分析法とは、たん白質またはペプチドにイソチオシアン酸フェニルまたはイソチオシアン酸メチルを反応させPTHアミノ酸またはMTHアミノ酸を生成させて（ペプチド結合を切断する）、それを液体クロマトグラフなどの適当な分析法によって分析する方法をいい、アミノ酸配列分析用試薬とはこの配列分析のための試薬およびアミノ酸誘導体標準品をいう。また、アミノ酸配列自動分析装置が数社より販売されている。